Cục Hải quan Hà Nam Ninh là cơ quan quản lý nhà nước về hải quan trên phạm vi địa bàn tỉnh Ninh Bình và các tỉnh Hà Nam, Nam Định[4]. Cục Hải quan Hà Nam Ninh có trụ sở đặt tại số 2A, đại lộ Tràng An, phường Đông Thành, Thành phố Ninh Bình, tỉnh Ninh Bình. Tại vị trí phần đất mở rộng trước đó là chi cục Hải quan Ninh Bình.

Hải quan ở Ninh Bình hiện còn có Trụ sở Đội Thủ tục hải quan Cảng Ninh Phúc và Đội Thủ tục hải quan ICD Phúc Lộc thuộc Chi cục Hải quan Ninh Bình (Đường Nguyễn Huệ, phường Nam Bình, thành phố Ninh Bình, tỉnh Ninh Bình).